Цифровият микроскоп използва не само оптика, но и камера с елемент със зарядна връзка (CCD), за наблюдение на цифрово изображение на образец на вграден или външен монитор. Цифровите микроскопи показват изображение на дори най-малките образци с най-добра яснота и яркост. Те се използват при лабораторни изследвания в различни области, включително медицина, биология и химия.